En 1938, tras quedar en el penúltimo lugar de la Liga Peruana, Alianza Lima descendió a la Primera División de la Liga de Lima. Tuvieron que pasar dos años para que los blanquiazules ganaran el Ascenso a la División de Honor.
Volvieron a la máxima categoría del fútbol peruano en 1940, y su primer duelo fue ante su clásico rival: Universitario de Deportes. El enfrentamiento se dio el 12 de mayo de 1940 en el Estadio Nacional.
El estreno de ambos equipos en el Torneo Amateur de Lima 1940 quedó 0 a 0, pero no necesariamente por falta de goles, sino porque el partido fue suspendido a los 65 minutos por falta de luz. Vale precisar que la década de los 40 no fue tan positiva para los grones, pues solo lograron alzar un campeonato para su palmarés.

Universitario vs Alianza Lima: formaciones
Universitario: José Honores, Juan Martínez, Arturo
Fernández, Eduardo Jordán, Alfredo Biffi, Antonio Villavicencio,
Mario Pacheco, César Socarraz, Teodoro Fernández, Édgar Mabama,
Enrique Quiñónez.
DT: Jack Grenwell.
Alianza Lima: Juan Valdivieso, Agapito Perales,
Manuel Zúñiga, Guillermo Jeanneau, Gerardo Arce.
Máximo Lobatón, Teodoro Alcalde, Oscar Espinar, José Quintana,
Adelfo Magallanes, Armando Rivera.
DT: Jorge Quintana.
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